ഗ്യാന്‍വാപി മസ്ജിദ് നിലനില്‍ക്കുന്ന സ്ഥാനത്ത് ക്ഷേത്രമുണ്ടായിരുന്നതായി പുരാവസ്തു വകുപ്പിന്റെ കണ്ടെത്തല്‍
ജൻവാപി പള്ളിയുടെ പരിസരത്ത് ഒരു ക്ഷേത്രമുണ്ടെന്ന് പുരാവസ്തു വകുപ്പ് കണ്ടെത്തി. ആർക്കിയോളജിക്കൽ സർവേ ഓഫ് ഇന്ത്യയുടെ കണ്ടെത്തലുകൾ വളരെ പ്രധാനപ്പെട്ടതാണെന്ന് ഹിന്ദു പക്ഷത്തെ പ്രതിനിധീകരിച്ച് അഭിഭാഷകൻ വിഷ്ണു ശങ്കർ പറഞ്ഞു. ഒരു ക്ഷേത്രം നിലനിന്നിരുന്ന സ്ഥലത്താണ് ജ്ഞാനവാപി പുനർനിർമിച്ചതെന്ന് സർവേ റിപ്പോർട്ടിൽ പരാമർശിക്കുന്നു.
പതിനേഴാം നൂറ്റാണ്ടിലെ ക്ഷേത്രമാണ് നവീകരിച്ച് പള്ളിയാക്കി മാറ്റിയതെന്ന് ഗവേഷണ റിപ്പോർട്ടിൽ പരാമർശിക്കുന്നു. ഔറംഗസീബിന്റെ (എ.ഡി. 1676-1677) കാലത്താണ് പള്ളി പണിതതെന്ന് പള്ളിയുടെ മുറികളിലെ അറബിക്, പേർഷ്യൻ ലിഖിതങ്ങൾ പറയുന്നുണ്ടെങ്കിലും ഇത് സംഭവിക്കുന്നു. പതിനേഴാം നൂറ്റാണ്ടിൽ ഈ ക്ഷേത്രം നശിപ്പിക്കപ്പെട്ടു. ചില കെട്ടിടങ്ങൾ പൊളിച്ചു മാറ്റി നിലവിലുള്ള കെട്ടിടങ്ങൾ പുനർനിർമിച്ചതായും സർവേയിൽ കണ്ടെത്തി.
